Hola! tengo claro lo que hace javascript y se que ajax esta basado en el ahora mi pregunta es cual es la diferencia entonces???? cual es mejor de usar?

No es que Ajax este basado en javaScript,
Ajax es un conjunto de tecnologías, incluye JavaScript y XML
si quieres trabajar con Ajax, necesitas conocer JavaScript,

Mira, desde JavaScript creas un objeto que hace peticiones al servidor web, el servidor web te responde con un archivo xml, javaScript lee el resultado a traves del objeto creado y lo muestra.

no tienes que escoger uno, primero aprende javaScript y luego Ajax.

Ajax es javascript asíncrono. No tiene sentido decir cual es "mejor", simplemente se usan dependiendo de la necesidad.